En época romana se produjo el derrumbe de una parte de la cavidad que tapió y ocultó el acceso a las galerías de la Cueva de la Font Major durante los siglos posteriores. A lo largo de las sucesivas generaciones, la memoria de la existencia de esta extensa cavidad subterránea quedó en el olvido, hasta que a mediados del siglo XIX fue nuevamente redescubierta por los habitantes de Espluga.
El redescubrimiento de la Cueva de la Font Major se produjo el 21 de abril de 1853, cuando la perforación de un pozo en una casa de la villa (el pozo de Cal Palletes) topó con una galería lateral que llevaba al río subterráneo . Una improvisada expedición remontó parte del río subterráneo y se descubrieron también las grandes galerías de la actual entrada, que había quedado tapiada por el derribo mencionado y quedaba parcialmente rellenada por los sedimentos que se habían ido depositando a lo largo de los siglos. Pero no sería hasta el 28 de agosto de 1956 cuando miembros del Centro Excursionista Pirenaico bajaron de nuevo por el mismo pozo y recorrieron buena parte de las galerías hasta un primer sifón que no pudieron flanquear.
Un año después se abría la entrada actual. A partir de 1957 numerosas exploraciones intentaron superar el mencionado sifón, no fue hasta un día de abril de 1957 cuando Diego Ciuraneta, espeleólogo de la Sociedad de Exploraciones Submarinas de Tarragona, logró pasarlo por primera vez. Más adelante, en 1965 dos espeleólogos del Equipo de Investigación Espeleológicas (ERE) volvían a atravesarlo y recorrieron 300 metros de galerías totalmente inundadas. En 1985 un equipo del ERE y del CEC reanudan los estudios sobre los cartes de la Font Major.
Se rebasa nuevamente el primer sifón y se remonta el río subterráneo recorriendo zonas totalmente desconocidas, hasta que se llegó a un segundo sifón que todavía no se ha podido traspasar. En el marco de esta expedición: lagos, túneles y varios pisos de galerías fosilizadas fueron cuidadosamente topografiadas.
El redescubrimiento de la Cueva de la Font Major se produjo el 21 de abril de 1853