À l’époque romaine, une partie de la grotte s’est effondrée, recouvrant et dissimulant l’accès aux galeries de la grotte de Font Major pendant des siècles. Au fil des générations, le souvenir de l’existence de cette vaste grotte souterraine a été oublié, jusqu’à ce qu’elle soit redécouverte par les habitants d’Espluga au milieu du XIXe siècle.
La redécouverte de la grotte de Font Major eut lieu le 21 avril 1853, lorsque le forage d’un puits dans une maison du village (le puits de Cal Palletes) tomba sur une galerie latérale menant à la rivière souterraine. Une expédition improvisée remonta une partie de la rivière souterraine et découvrit également les grandes galeries de l’entrée actuelle, qui avait été obstruée par la démolition susmentionnée et partiellement comblée par les sédiments qui s’étaient déposés au cours des siècles. Mais ce n’est que le 28 août 1956 que les membres du Centro Excursionista Pirenaico (Centre pyrénéen de randonnée) redescendirent par le même puits et traversèrent une bonne partie des galeries jusqu’à un premier siphon qu’ils n’arrivèrent pas à contourner.
Un an plus tard, l’entrée actuelle est ouverte. À partir de 1957, de nombreuses explorations ont tenté de franchir le siphon, mais ce n’est qu’un jour d’avril 1957 que Diego Ciuraneta, un spéléologue de la Société d’exploration sous-marine de Tarragone, a réussi à le franchir pour la première fois. Plus tard, en 1965, deux spéléologues de l’Équipe de recherche spéléologique (ERE) la franchissent à nouveau et parcourent 300 mètres de galeries totalement inondées. En 1985, une équipe de l’ERE et de la CEC reprend l’étude du karst de Font Major.
Le premier siphon est à nouveau franchi et la rivière souterraine est parcourue à travers des zones totalement inconnues, jusqu’à ce qu’un deuxième siphon soit atteint, mais il n’a toujours pas été possible de le franchir. Dans le cadre de cette expédition, des lacs, des tunnels et plusieurs étages de galeries fossilisées ont été soigneusement étudiés.
La redécouverte de la grotte de Font Major a eu lieu le 21 avril 1853.