À cet égard, il convient également de souligner les nouvelles interventions réalisées en 2011 par l’Institut de Paléoécologie Humaine et d’Évolution Sociale (IPHES), qui ont documenté l’un des niveaux archéologiques les plus importants correspondant au Néolithique ancien dans les grottes de Catalogne. Ces travaux archéologiques ont été motivés par les travaux d’aménagement des grottes pour la nouvelle muséographie et ont permis d’enregistrer un niveau avec des matériaux archéologiques abondants, comprenant une industrie lithique (une partie réalisée par la technique du polissage, comme les haches), des restes de faune, une industrie osseuse et de la céramique. En ce sens, la présence de fragments de céramique cardiale (décorée avec des applications d’un type de coquillage appelé Cardium edule), ainsi que la découverte d’autres types décoratifs, permet d’inférer l’existence d’usages humains dans la cavité durant le Néolithique ancien, il y a entre 6 000 et 7 000 ans.
Tout cela nous indique qu’autour de 4600 av. J.-C., la grotte fut occupée par les premières communautés sédentaires, qui venaient juste de commencer la culture de la terre et la domestication de certains animaux. Les cultures prédominantes à cette époque étaient les céréales (blé et orge) et les légumineuses (lentilles et pois), dont l’exploitation peut être liée à la présence des lames de silex documentées dans la grotte de la Font Major, utilisées pour la production de petites lames employées comme pièces ou dents de faucille.